为加强学风建设，维护学术道德，严明学术纪律，规范学术行为，学校于2011年起，经研究决定成立上海中医药大学学术道德委员会，作为校学术委员会下属专门委员会。
校学术道德委员会委员自校学术委员会委员中产生，设立主任委员1人，委员若干人，秘书1人。办公室挂靠科学技术处，负责受理对学术道德问题处理的日常工作。
校学术委员会是学校实施学术道德规范、认定学术违规行为的最高机构，同时负责监察全校学风建设。校学术道德委员会作为校学术委员会下属的专门委员会，负责评估学校学术道德方面的方针、政策和存在的问题；审定学术道德规范、学术评价、争议处理规则；按照有关规定及学校委托，裁决学术纠纷，受理有关学术不端行为的举报并进行调查，对违反学术道德的行为，提供明确调查的结论和处理建议。