2012年度市级部门预算总收入28,884.2万元，其中财政拨款18,884.2万元，教育收费6,500万元，事业及其他收入3,500万元。
2012年度市级部门预算总支出28,884.2万元，其中基本支出合计10,891万元，（人员经费支出6,192万元，公用经费支出4,699万元），项目支出14,493.3万元（财政拨款7,993.3万元，教育收费安排补充人员经费、补充公用经费、成人教育经费、离退休经费、学生经费共计6,500万元）其他资金安排补充人员经费3,500万元。
2012年度实际总收入57,012万元，总支出49,114万元，全年收支结余7,898万元。其中事业结余368万元，预算内专项结余183万元，科研事业结余3,622，专款结余3,725万元。
2012年度全年总收入中，财政拨款19,267万元，教育收费收入5,528万元，其他收入3,532万元，科研事业收入9,957万元，拨入专款收入18,728万元。
2012年度总支出中，事业支出27,776万元，其中：人员性支出9,618万元，公用性支出4,438万元，专项支出13,720万元。专款支出15,003万元，主要为一流学科建设专项、地方高校内涵建设专项、高校知识服务平台建设专项、教师专业发展工程专项、研究生教育创新计划、上海大学生创新活动计划、人才引进和师资队伍建设、上海高校青年教师培养资助计划、学生奖学金等各类专款支出；科研事业支出6,335万元，其中国家级项目支出4,192万元，省（市）部级项目支出1,575万元，其他项目支出568万元。
