1956年1月，卫生部在《一九五六年到一九五七年全国卫生工作规划要点》中提出，“从五六年开始，建立四所中医学院”。1956年3月，卫生部与教育部共同制定了四所中医学院组建方案和教学计划。1956年5月2日，在上海市第十一人民医院成立了筹建上海中医学院筹备组，5月21日，租赁北苏州路河滨大楼部分建筑，暂作临时校舍；筹备组迁入办公。1956年8月6日，中华人民共和国国务院正式发（56）国二办周字第19号文，明确同意在北京、上海、广州、程度分别建立4所中医学院。9月1日，在河南路国华大楼大礼堂举行上海中医学院成立暨开学典礼，金仲华副市长代表市人民委员会宣布上海中医学院成立，任命程门雪为院长，属卫生局管理。1957年7月12日  上海市人民委员会决定学校的行政领导由高教局负责，中医西医师资的配备和中医教学业务的指导，仍由市卫生局负责。1958年2月5日，卫生部明确上海中医学院交由上海市领导。同年2月起，学院行政领导归属市高教局，教学业务由市卫生局指导。1958年3月，学院搬迁至零陵路校区。1978年5月，学校转入卫生部的直接领导。1981年1月，卫生部又将学校下放，作为地方院校，仍属上海市领导。1985年11月，经国家科委批准，正式成立上海市中医药研究院，与学校实行“两块牌子，一套班子”管理体制。1993年经国家教委批准，更改校名为上海中医药大学。2003年7月，学校整体搬迁至张江校区。